Во 2006 година Кинотеката го прослави својот 30-годишен јубилеј во нови простории во библиотеката Другарче, со кино, видеотека и специјализирана филмска библиотека, постојана музејска изложба, изложбена галерија, библиотека, фототека… По комплетно реновирање и опремување со 35 мм филмски проектори и сараунд аудио систем и 136 седишта, на 10 октомври 2006 година започна редовна филмска програма во киното. Киното започна со неколку циклуси меѓу кои: „Македонски филм“, „Потеклото на филмот,“ „Чаплин-идентитетот на филмот“, „Висконти“, „Исток-Запад„, „Недела на францускиот филм“ и така натаму.

Во годините што следуваат се одржуваат голем број циклуси на познати автори, режисери и директори на фотографија, потоа претставување на голем број национални кинематографии, како и фестивали, премиери и промоции. Гости во Кинотеката, покрај другите беа и: Јиржи Менцл, Наталија Бондарчук, Маноло Де Оливеира, Тиери Арбогас, Лордан Зафрановиќ, Желимир Жилник и други.Во 2015 година, кино салата беше реновирана, односно се постави нова опрема за дигитални проекции, ДЦП проектор, медиа, Блу-реј и ДВД плеер, а беше поставено и ново проекционо платно.